1644年漢人開始在本島開墾，居民15人，1755年福建省泉州府同安縣人李月老先生由打狗攜其家族並邀鄰居二十餘人遷住白沙尾澳，從事漁業奠定本鄉之基業。
琉球於光復後1950年建治，全島面積6,801平方公里，南北長4公里，東西二公里，鄉內有本福村、中福村、漁福村、大福村、上福村、杉福村、南福村和天福村等八個村。過去飲水，糧食全靠高屏海上運輸。目前己從屏東接通自來水。島上也己有發電廠，生活環境與台灣本島己無差別。
小琉球原名沙碼基，琉球鄉原名為沙馬基，依據史籍記載，元朝時代台灣與沖繩列島合稱琉球或嵧球、琉求。到了明朝改稱沖繩列島為大琉球，台灣為小琉球。到了明朝初為台員、大員。到了萬曆未年，荷蘭據台後設市，制若崇臺，海濱沙環水曲曰灣，又泊舟處概謂灣，於是稱為台灣。而人們就將原來的小琉球名稱轉到台灣南部的沙馬基。
另一說法稱沙馬基嶼像是一個浮流海上的球，漁民乃稱之為琉球。
鯤南天設小琉球、一嶼千家水上游
燦爛晴霞明海市、迷離曉月現蜃樓
縱橫平坦飛還駐、名類籓封禁又收
散錦煥文開盛運、孤懸片土亦瀛洲《 清朝鳳山知縣黃家鼎「球嶼曉霞」》
另一記載也詳細的說明著小琉球在各個年代其名稱如 - 宋史外國傳中：「琉球國，在泉州之東，有海島曰澎湖，烟火相望…旁有毗舍耶，國…。」毗舍耶，據日本地名辭典續編台灣之部，認為指小琉球嶼而言。巴達維亞日記載有：「公元一六二二年（明天啟二年）荷人派船由澎湖至台灣勘查途中，於七月廿八日曾至一小島。」據漢人通譯云：「該小島有四百餘兇悍啖人之土番，三年前（即萬曆四十七年、公元一六一九年）有漢人百餘人受害。」此一小島，據日人村上直次郎考證其地為琉球嶼。
荷人據台時期，據小琉球嶼為金獅島，可能以該島東北方海蝕平台上之毛菰石（花瓶石）之形象，而稱之金島，或因紀念荷輪金獅子號船員曾被當地土番所殺害而命名。清代以後撰修之誌書上稱為 「小琉球山」、「小琉球社」、「小琉球」、「小琉球嶼」等，或俗稱「剖腹山嶼」。其琉球一稱，據世法錄：「世界萬濤，蜿蜒若虬浮水中，因名流虬，後轉謂琉球……」亦有認為係土番族地之譯音字者。多數國內學者認為隋書之「琉球國」、南宋趙汝適諸番志之「琉球國」，元史之「瑠球」、諸番志之「琉球」，係指今日台灣本島，非今日之小琉球。迨明以後，逐漸使用「台灣」以稱呼今日台灣全島後，「琉球」一詞，僅留用於今天的琉球鄉，因該地面積僅六．八零一八平方公里，故冠以 「小」字，稱為「小琉球」。
至於俗稱「剖腹山嶼」，上己述及，係因該嶼為一地壘台地，形如剖腹狀，故以名之。民國九年九月一日，日人大規模更改台灣舊地名，以往凡三個字之地名，悉改為二個字，「小琉球」改稱「琉球」，即始於此時，台灣光復後則改稱為「琉球鄉」。
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